Дробовик для диагностики туберкулеза
Туберкулез научились диагностировать за два дня
Группа исследователей из Великобритании и Гамбии предложила новый подход к диагностике туберкулеза, основанный на секвенировании ДНК, выделенной из мокроты пациента. Так называемый «метод дробовика» позволяет сравнительно быстро выявить и определить характеристики возбудителя заболевания, избавляя от необходимости длительного культивирования бактерии в лабораторных условиях. Работа опубликована в журнале PeerJ (Doughty et al., Culture-independent detection and characterisation of Mycobacterium tuberculosis and M. africanum in sputum samples using shotgun metagenomics on a benchtop sequencer).
К недостаткам стандартной лабораторной диагностики туберкулеза, не менявшейся с 1880-х годов, относится не только длительность процесса (культивирование образцов мокроты может занимать недели и месяцы), но и сложность определения с помощью обычного микроскопа штаммов возбудителя инфекции, а также трудность диагностики в случае смешанной инфекции. Профессор Марк Пэллен (Mark Pallen) из Школы медицины Уорвикского университета (Великобритания) и его коллеги предлагают заменить этот устаревший способ современными методами метагеномики, позволяющими избежать всех перечисленных недостатков.
Для определения бактериального генома Пэллен и его сотрудники применили «метод дробовика», используемый при секвенировании длинных участков ДНК. Суть его состоит в дроблении генома на случайные фрагменты, которые затем секвенируют обычными методами. Полученные таким образом перекрывающиеся нуклеотидные последовательности затем собирают с помощью специальных программ в единое целое. С помощью настольного секвенатора Illumina MiSeq ученые выявили ДНК туберкулезной бактерии во всех восьми исследуемых образцах мокроты и смогли определить штамм возбудителя в семи из них. Процесс занял один-два дня.
Проведенное исследование было призвано принципиально подтвердить возможность использования метода для диагностики туберкулеза. Теперь группа Пэллена планирует продолжить изучение его возможностей на более широком спектре образцов.
Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
24.09.2014