На прошлой неделе в Nature: геномика и транскриптомика
В кратком обзоре представлены наиболее интересные, по мнению обозревателя сайта Genomeweb, публикации в журналах серии Nature.
Международная группа ученых, работающая под руководством Лейфа Андерсона (Leif Andersson) из Упсалского Университета в Швеции, опубликовала10 марта в online версии журнала Nature статью Whole-genome resequencing reveals loci under selection during chicken domestication, посвященную повторному секвенированию генома домашней курицы. Домашних животных удобно использовать в качестве моделей для исследований генетических изменений, лежащих в основе эволюции пород животных. В процессе адаптации к жизни в неволе и под влиянием осуществляемой человеком селекции домашние животные приобрели наследственные признаки, лежащие в основе возникших значительных изменений морфологических, физиологических и поведенческих характеристик. Для того чтобы найти генетические изменения, играющие ведущую роль в одомашнивании кур (Gallus gallus domesticus) и их специализации на бройлеров и несушек, ученые проанализировали с помощью массивного параллельного секвенирования геномы 8 различных пород домашних кур и их общего предка – красной джунглевой курицы (Gallus gallus). Исследователи обнаружили более 7 миллионов однонуклеотидных изменений, около 1300 удаленных участков геномов и несколько селективных областей геномов. Одним из характерных генетических признаков, обнаруженным у всех домашних пород, оказалась область генома, кодирующая рецептор тироид-стимулирующего гормона (thyroid stimulating hormone receptor, TSHR), играющего ведущую роль в обмене веществ и в пути регуляции репродукции, связанного с продолжительностью светового дня. У бройлеров (как и следовало ожидать :), несколько селективных генетических признаков обнаружились в генах, ассоциированных с ростом, аппетитом и регуляцией обмена веществ. Проведенное исследование, по мнению ученых, должно привлечь внимание исследователей к домашним курам как к модельным организмам для биомедицинских исследований. Это исследование также может оказаться полезным для выведения новых пород животных.
В последнем выпуске журнала Nature группа исследователей из Института инфекционной биологии Макса Планка (Германия) с коллегами из других научных заведений Европы и США, работающих под руководством Йорга Фогеля (Jörg Vogel), опубликовала статью The primary transcriptome of the major human pathogen Helicobacter pylori, посвященную анализу транскриптома Helicobacter pylori (патогена, обнаруживаемого почти у половины людей) с помощью разработанного ими метода дифференцированного массивного параллельного секвенирования РНК (differential massively parallel cDNA sequencing, dRNA-seq), селективного по 5′-концам последовательностей РНК (5′-конец РНК соответствует началу гена). Новый подход позволили ученым определить последовательности генома Helicobacter pylori, соответствующие сигналам старта синтеза РНК и регуляторным элементам генома, а также неожиданно много коротких регуляторных молекул РНК.
(Транскриптом – совокупность всех молекул РНК, образующихся в результате транскрипции – экспрессии всех кодирующих генов клетки, группы клеток или организма, включая мРНК и некодирующие РНК.)
В статье Common variants at 5q22 associate with pediatric eosinophilic esophagitis, опубликованной в последнем выпуске журнала Nature Genetics, международная группа ученых, возглавляемая Хаконом Хаконарсоном (Hakon Hakonarson), определила с помощью ассоциативного широкомасштабного исследования генома варианты генетических изменений, характерных для болезненной формы пищевой аллергии у детей – эозинофильного эзофагита (воспаления слизистой оболочки пищевода). Оказалось, что эозинофильный эзофагит ассоциирован с участком хромосомы 5, включающим два гена. Ученые считают, что заболевание связано с изменениями в гене тимусного стромального лимфопротеина (thymic stromal lymphopoietin, TSLP), поскольку количества TSLP были повышены у детей, страдающих эозинофильным эзофагитом, по сравнению со здоровыми детьми. Белок TSLP участвует в регуляции механизма воспаления, характерного для аллергических заболеваний.
Дарья Червякова
Портал «Вечная молодость» по материалам Genomeweb: This Week in Nature, March 11, 2010
16.03.2010