Сдайте метагеном на анализ
Ученые создали программу для анализа совокупностей ДНК болезнетворных микроорганизмов
Ученые из Университета ИТМО, ФНКЦ физико-химической медицины и МФТИ разработали программу, которая позволяет быстро сравнивать между собой совокупности ДНК микроорганизмов, обитающих в разных средах. Результаты исследования опубликованы в журнале Bioinformatics (Ulyantsev et al., MetaFast: fast reference-free graph-based comparison of shotgun metagenomic data).
У каждого человека есть геном – особая последовательность генов, в соответствии с которой развивается индивид. Однако любой живой организм содержит еще одну последовательность генов, которая называется метагеном и представляет собой совокупность ДНК различных микроорганизмов, обитающих в одной среде: бактерий, грибов, вирусов. Метагеном часто является индикатором различных заболеваний и предрасположенности к ним.
Программный инструмент под названием MetaFast (METAgenome FAST analysis toolkit – ВМ), разработанный учеными, позволяет провести быстрый сравнительный анализ большого количества метагеномов. «При исследовании микрофлоры кишечника пациентов могут быть выявлены микроорганизмы, ассоциируемые с каким-либо заболеванием, например, с диабетом или предрасположенностью к нему. А это уже предпосылки для применения персонализированной медицины и создания новых лекарств. Оперируя результатами работы программы, биологи могут сделать выводы о том, в каком направлении двигаться, поскольку алгоритм позволяет исследовать среды, о которых мы еще ничего не знаем», – рассказывает главный разработчик алгоритма Владимир Ульянцев, сотрудник Международной лаборатории «Компьютерные технологии» Университета ИТМО.
Исследователи уже предложили несколько вариантов применения новой программы на практике. Так, сравнив при помощи алгоритма микрофлору здорового человека с микрофлорой больного, можно быстро выявить ранее неизвестные патогенные организмы, а также их штаммы, что поможет в разработке средств персонализированной медицины.
Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
15.06.2016