Секвенирование геномов: скорость растёт

Биологи научились «читать» индивидуальные молекулы ДНК
Лента.Ру

Новая технология расшифровки последовательностей ДНК позволяет делать это в разы быстрее, чем существующие методики. Отличие нового метода в том, что он определяет последовательность индивидуальных молекул ДНК, а не усредняет данные, полученные из расшифровки совокупности молекул. Подробнее о технологии пишет портал Nature News (Gene reading steps up a gear).

Для того чтобы определить последовательность достаточно длинного фрагмента ДНК, ученые определяют последовательность составляющих его более коротких кусков, а затем соединяют получившиеся отрезки воедино. Средний размер таких кусочков, получаемых по новой технологии, разработанной биотехнологической компанией Pacific Biosciences, составляет около 15000 нуклеотидов. Большинство существующих методик «выдают» фрагменты приблизительно в десять раз меньшего размера.

Для того чтобы протестировать возможности нового метода, авторы определили с его помощью последовательности ДНК пяти штаммов холерных вибрионов Vibrio cholerae. Все работы были завершены меньше чем за пять часов, в то время как одна из самых быстрых современных технологий, разработанная компанией Illumina, позволяет сделать это примерно за неделю.

Основным недостатком нового метода является низкая точность получаемых последовательностей. Она составляет около 85 процентов, в то время как на сегодня нормой считается 99-процентный уровень. Низкая точность является следствием того, что в рамках придуманной Pacific Biosciences технологии «прочитываются» отдельные молекулы ДНК. Авторы отмечают, что точность можно существенно повысить, если «прочитать» изучаемую последовательность второй раз (правда, при этом возрастет требуемое на расшифровку время).

Разработчики нового метода утверждают, что к 2013 году с его помощью можно будет расшифровать человеческий геном за 15 минут – сейчас этот процесс занимает в среднем месяц.

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
09.02.2011