Ускорение геномики
Предложен кандидат на замену кишечной палочке
Полит.ру по материалам Science: Cientists want to replace lab workhorse E. coli with the world’s fastest-growing bacterium
Генетик из Гарвардского университета Джордж Черч (George Church) и его коллеги опубликовали в собрании препринтов bioRxiv работу (Lee et al., V ibrio natriegens , a new genomic powerhouse), где предлагают заменить бактерию кишечная палочка (Escherichia coli), которая сейчас очень часто используется в лабораторных исследованиях и биотехнологических процесса. Авторы считают, что с этой ролью лучше справится Vibrio natriegens, так как ей принадлежит рекорд по скорости роста среди бактерий.
Кишечная палочка была открыта 131 год назад, и с тех пор ее применили во множестве научных исследований в микробиологии, анализе функций генов и других областях. Ученые применяют четыре штамма данной бактерии, которые легко культивировать в лабораторных условиях и которые уже утратили способность заражать кишечник человека. Размножается кишечная палочка довольно быстро, удваивая свою численность в идеальных условиях за 20 минут. Генетически модифицированных бактерий кишечной палочки используют для промышленного синтеза самых разных белков, включая аналог человеческого инсулина.
Джордж Черч и его соавторы полагают, что столь широкое применение кишечной палочки объясняется в первую очередь тем, что данная бактерия наиболее хорошо изучена. Коллега Черча Генри Ли (Henry Lee) говорит, что современные исследования по геномике требуют очень долгого времени, если проводятся на кишечной палочке, поэтому ее надо заменить бактерией, которая размножается быстрее. Для этого подходит Vibrio natriegens, удваивающая свою численность не за 20 минут, а всего за 10. Эта бактерия родственна холерному вибриону (Vibrio cholerae), но нет никаких свидетельств, что она может заражать людей. Чтобы стимулировать принятие и использование V. natriegens другими лабораториями, Генри Ли и его команда секвенировали полный геном данной бактерии, а также разработали версию системы редактирования геномов CRISPR, которая работает с ней.
Мир микробиологов воспринял это известие с острожным интересом. Харрис Ван (Harris Wang) из Колумбийского университета готовит, что многое будет зависеть от того, насколько стабильным останется геном бактерии на протяжении множества поколений, а также того, насколько легко будет извлекаться из нее ДНК. Тем не менее, Харрис Ван и многие другие исследователи согласились, что кандидатура Vibrio natriegens может оказаться удачной.
Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
20.06.2016