Победители конкурса NVIDIA в области исследования рака
Максим Малаховский, distributed.org.ua по материалам blogs.nvidia.com:
NVIDIA Foundation Awards $400,000 to Two Teams Pioneering Cancer Research
При поддержке экспертной группы из Национального института рака (National Cancer Institute) фонд компании NVIDIA объявил победителей конкурса с призовым фондом в 400 тысяч долларов, на который было прислано более двух десятков заявок со всего мира. Два гранта по 200 тысяч долларов получат две группы исследователей, которые используют в работе инновационные методы вычислений – программно-аппаратную архитектуру параллельных вычислений CUDA для графических процессоров NVIDIA, чтобы вдохнуть новую жизнь в известные идеи по диагностике и борьбе с раковыми заболеваниями.
Первый грант получила команда Джона Квакенбуша (John Quackenbush), профессора биостатистики и вычислительной биологии из Института рака «Дана-Фарбер» (Dana-Farber Cancer Institute) в Бостоне, которая занимается обработкой геномных данных, полученных от тысяч больных раком, чтобы раскрыть закономерности проявления различных видов рака на генном уровне с целью разработки новых методов его диагностики и лечения.
В свете тенденции резкого удешевления стоимости расшифровки генома, Институт рака «Дана-Фарбер» запустил программу по ежегодному сбору и геномной расшифровке образцов опухолей примерно тысячи пациентов с подробными клиническими данными о том, как каждый человек реагирует на лечение. Собранная база данных растет и координатор проекта, профессор Джон Квакенбуш, планирует использовать графические процессоры NVIDIA для ускорения обработки и поиска шаблонов, которые позволили бы идентифицировать генетические подтипы рака.
Исследователи надеются, что выявленные генетические сходства между различными видами рака могут расширить рамки известных методов лечения. «Например, у нас сегодня есть препарат, нацеленный на конкретную мутацию при раке толстой кишки, но его никогда не пробовали при раке молочной железы», говорит Квакенбуш. «Если мы выявим закономерности различных болезней, то сможем более оперативно выявлять новые потенциальные методы их лечения».
Второй грант достался команде Виджая Панде (Vijay Pande), профессору химии, структурной биологии и информатики из Стэнфордского университета (Stanford University), который в рамках проекта распределенных вычислений Folding@Home привлекает людей со всего мира жертвовать неиспользуемый вычислительный потенциал своих компьютеров во благо научных исследований.
Средства выделены Виджаю Панде на перспективные исследования по поиску методов лечения рака молочной железы. При этом целью является не только потенциальное новое лекарство, но и развитие методов моделирования процесса самосборки белков (фолдинга) в трехмерные структуры. Нарушения в этом важнейшем процессе вызывают серьезные заболевания.
Проекту Folding@Home удалось привлечь для решения своих исследовательских задач десятки тысяч пользователей, предоставивших для удаленного использования в научных расчетах свои видеокарты, создав одну из самых мощных вычислительных систем в мире. Эта система сейчас используется также для исследования и предсказания специфических мутаций, приводящих к развитию опухолей. Целью является развитие целенаправленных и эффективных методов лечения – сначала для рака молочной железы и, в конечном счете, для других типов рака.
Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
12.12.2014