Индекс полигенного риска для рака молочной железы завышен у евреек ашкенази
Александра Петрухина, PCR.news
Индекс полигенного риска (PRS) применяется для оценки рисков развития заболеваний, в том числе рака молочной железы (РМЖ). PRS получаются в результате анализа полногеномных поисков ассоциаций (GWAS), когда выявляются однонуклеотидные полиморфизмы, распространенные у людей с заболеваниями. Для РМЖ получено более 300 таких полиморфизмов. Большую часть GWAS проводили на популяциях белых европейцев, и полученные результаты не всегда можно перенести на другие популяции.
Евреи ашкенази (ЕА) происходят от небольшой еврейской группы. Из-за особенностей культуры в течение долгого времени ашкенази были замкнутой популяцией, что привело к накоплению рецессивных мутаций в генофонде. Предполагается, что вследствие этого ЕА демонстрируют уникальную этиологию РМЖ и более высокую распространенность специфических вариантов. Авторы нового исследования попробовали оценить соответствие PRS в популяциях ЕА.
Ученые рассмотрели 118 случаев РМЖ без самых распространенных вариантов в BRCA1/2 у ЕА из базы данных Манчестера. Также дополнительно были привлечены три женщины с РМЖ и 100 здоровых контролей, которые идентифицировали себя как ЕА, из исследования PROCAS. В группу белых женщин европейского происхождения (БЕ) было отобрано 111 женщин с РМЖ и 110 здоровых контролей. Для валидации результатов сформировали большую когорту из 2045 ЕА (1331 с РМЖ и 714 контрольных) из Израиля (исследование BCINIS) и 2423 БЕ (651 с РМЖ и 1772 контрольных) из базы Манчестера. Авторы использовали два PRS: SNP142 и SNP78 ( SNP86 после исключения восьми SNP).
В когорте БЕ Манчестера средний PRS для SNP142 составил 1,33 у пациенток с РМЖ и 1,01 у контролей. В большой когорте Манчестера PRS составил 1,27 у пациенток с РМЖ и 0,98 у контролей. В то же время у евреек ашкенази нескорректированный средний PRS для SNP142 составил 1,54 у пациенток с РМЖ и 1,20 у контролей. Завышенный риск у контрольной группы стал результатом неправильной калибровки. После исправления с учетом частот аллелей риска из базы данных gnomAD PRS составил 1,30 у пациенток с РМЖ и 1,02 у контролей.
У большой когорты из Израиля нескорректированный PRS для SNP142 составил 1,47 у пациенток с РМЖ и 1,15 у контролей. Здесь тоже наблюдается увеличение прогнозируемого риска у ЕА. После калибровки значения снизились до 1,25 у пациенток с РМЖ и 0,98 у контролей.
Получается, что PRS, рассчитанный для белых женщин европейского происхождения, нельзя использовать на популяциях евреек ашкенази. Расчет для этнических групп должен производиться отдельно с новой калибровкой для исключения случаев завышенного риска у здоровых женщин.
Источник: Eleanor Roberts, et. al. Breast cancer polygenic risk scores derived in White European populations are not calibrated for women of Ashkenazi Jewish descent. // Genetics in Medicine.
Портал «Вечная молодость» http://www.vechnayamolodost.ru/
Индекс полигенного риска (PRS) применяется для оценки рисков развития заболеваний, в том числе рака молочной железы (РМЖ). PRS получаются в результате анализа полногеномных поисков ассоциаций (GWAS), когда выявляются однонуклеотидные полиморфизмы, распространенные у людей с заболеваниями. Для РМЖ получено более 300 таких полиморфизмов. Большую часть GWAS проводили на популяциях белых европейцев, и полученные результаты не всегда можно перенести на другие популяции.
Евреи ашкенази (ЕА) происходят от небольшой еврейской группы. Из-за особенностей культуры в течение долгого времени ашкенази были замкнутой популяцией, что привело к накоплению рецессивных мутаций в генофонде. Предполагается, что вследствие этого ЕА демонстрируют уникальную этиологию РМЖ и более высокую распространенность специфических вариантов. Авторы нового исследования попробовали оценить соответствие PRS в популяциях ЕА.
Ученые рассмотрели 118 случаев РМЖ без самых распространенных вариантов в BRCA1/2 у ЕА из базы данных Манчестера. Также дополнительно были привлечены три женщины с РМЖ и 100 здоровых контролей, которые идентифицировали себя как ЕА, из исследования PROCAS. В группу белых женщин европейского происхождения (БЕ) было отобрано 111 женщин с РМЖ и 110 здоровых контролей. Для валидации результатов сформировали большую когорту из 2045 ЕА (1331 с РМЖ и 714 контрольных) из Израиля (исследование BCINIS) и 2423 БЕ (651 с РМЖ и 1772 контрольных) из базы Манчестера. Авторы использовали два PRS: SNP142 и SNP78 ( SNP86 после исключения восьми SNP).
В когорте БЕ Манчестера средний PRS для SNP142 составил 1,33 у пациенток с РМЖ и 1,01 у контролей. В большой когорте Манчестера PRS составил 1,27 у пациенток с РМЖ и 0,98 у контролей. В то же время у евреек ашкенази нескорректированный средний PRS для SNP142 составил 1,54 у пациенток с РМЖ и 1,20 у контролей. Завышенный риск у контрольной группы стал результатом неправильной калибровки. После исправления с учетом частот аллелей риска из базы данных gnomAD PRS составил 1,30 у пациенток с РМЖ и 1,02 у контролей.
У большой когорты из Израиля нескорректированный PRS для SNP142 составил 1,47 у пациенток с РМЖ и 1,15 у контролей. Здесь тоже наблюдается увеличение прогнозируемого риска у ЕА. После калибровки значения снизились до 1,25 у пациенток с РМЖ и 0,98 у контролей.
Получается, что PRS, рассчитанный для белых женщин европейского происхождения, нельзя использовать на популяциях евреек ашкенази. Расчет для этнических групп должен производиться отдельно с новой калибровкой для исключения случаев завышенного риска у здоровых женщин.
Источник: Eleanor Roberts, et. al. Breast cancer polygenic risk scores derived in White European populations are not calibrated for women of Ashkenazi Jewish descent. // Genetics in Medicine.
Портал «Вечная молодость» http://www.vechnayamolodost.ru/